Pašvaldību muzeju ikgadējo budžetu veido pašvaldību dotācijas, VKKF mērķprogrammu un kultūras programmu konkursos iegūtie līdzekļi, pašvaldību un ES struktūrfondu projektu konkursu ietvaros piesaistītie līdzekļi, muzeju ieņēmumi no ieejas maksas un citiem pakalpojumiem, kā arī privātpersonu un fondu ziedojumi.